Masunaga verwerkte zijn ervaring met Shiatsu in zijn studie van de westerse psychologie en de chinese geneeskunde.  Hij verfijnde ook de bestaande diagnosemethoden.

Zijn uitgebreide systeem omvatte speciale oefeningen, die bekend staan als 'Makko Ho', om de stroom van Ki te stimuleren.  Hij stelde ook een set van richtlijnen op om de technieken doeltreffender te maken.

Hij noemde zijn systeem 'Zen Shiatsu' naar de eenvoudige en directe benadering van spiritualiteit van de zen boeddhistische monniken in Japan.