Het stellen van de diagnose speelt een centrale rol in Shiatsu.  De diagnose wordt geformuleerd in termen van de oosterse geneeskunde (Ki, elementen, meridianen, enz.) en niet in die van de westerse fysiologie en pathologie.  Een Shiatsu beoefenaar kan je vertellen dat er een verstoring is van je Water-energie of Aarde-energie, maar niet dat je diabetes hebt of een hoge cholesterol.

Shiatsu diagnose is eerder holistisch dan analytisch.  Bij het stellen van de diagnose wordt rekening gehouden met een brede waaier van aanwijzingen.  Die worden gehaald uit wat de cliënt zegt, uit observatie van gedragspatronen en uiterlijke kenmerken, en uit aanraking.

Veel beoefenaars beginnen een sessie met zachte palpatie (d.w.z. diagnostische aanraking) van de buik.  Dit gebied wordt in het japans Hara genoemd.  Het is vooral belangrijk in de Shiatsu diagnose omdat het centraal ligt, zacht en relatief onbeschermd is.  De vaak subtiele onevenwichten zijn hier gemakkelijker vast te stellen.