Ki verplaatst zich door het hele lichaam, maar op bepaalde vastgestelde banen stroomt het op een geconcentreerdere manier.  Deze banen staan bekend als meridianen.  De meridianen vormen een ononderbroken circuit.  Ze maken het stromen van Ki over het hele lichaam mogelijk.

Elke meridiaan is genoemd naar een fysiek orgaan, bijvoorbeeld de hart-meridiaan, de long-meridiaan en de blaas-meridiaan.  Heel dikwijls zal een Shiatsu beoefenaar het merken als de energie langs één of meer meridianen geblokkeerd is.  Hierdoor ontstaat er op bepaalde punten een overschot aan energie en dat uit zich als spanning, hardheid of volheid.  Op andere punten ontstaat er een tekort dat voelbaar is als zwakte of leegte.  De beoefenaar zal werken met de energie in deze meridianen om te proberen het evenwicht te herstellen.

De meeste acupunctuurpunten liggen op de meridianen.  Shiatsu beoefenaars zullen soms werken op specifieke punten door er kort op te drukken of door de druk aan te houden.  Shiatsu verschilt echter van acupunctuur (en acupressuur) omdat in Shiatsu eerder wordt gewerkt op de meridiaan in zijn geheel dan op geïsoleerde punten.